Nació el 18 de noviembre de 1939 en Ottawa. Su madre era nutricionista y su padre era entomólogo, dedicado a una investigación en los bosques del norte de Quebec, Margaret creció viajando entre Ottawa, Sault Ste. Marie, y Toronto. Estudió en casa hasta los 12 años y a los 17 supo que quería ser escritora.
En 1957 comenzó a estudiar en la Universidad de Toronto, allí escribió poemas y artículos para Acta Victoria. En 1961 comenzó estudios de postgrado en la Universidad de Harvard, completó una maestría e hizo dos años de doctorado, aunque no completó su tesis El Romance Metafísico Ingles.
Publicó su primera novela en 1969, La Mujer Comestible, que la estableció como escritora de prosa. En 1996 publicó Alias Grace, con la que recibió múltiples premios, otros trabajos premiados incluyen el Asesino Ciego (2000), Ojo de Gato (1988), y el Cuento de la Criada (1985).